近日,BETVLCTOR伟德唯一官网李祥龍教授團隊成功繪制了全球首個染色體級别的高質量北極狐基因組圖譜。該圖譜是迄今為止精度最高的北極狐基因組圖譜(contig N50 31.848 Mb),為北極狐種質資源保護和開發利用奠定了重要基礎,相關成果發表于國際生态資源權威期刊《分子生态資源(Molecular Ecology Resources)》。
項目組綜合利用PacBio和Illumina測序及Hi-C技術,在國際上首次獲得了達到染色體級别的高質量北極狐參考基因組序列。組裝後的北極狐基因組大小為2.345 Gb,其中99.10%的序列被錨定在25條假染色體上,contig N50和scaffold N50分别達到31.848 Mb和131.537 Mb,共注釋到21,278個編碼基因。根據單拷貝基因的系統發育和分化時間估算,發現北極狐和赤狐的親緣關系最近,與它們的最近共同祖先在大約7.1百萬年前分開。此外,基于染色體級别的北極狐基因組,作者通過比較基因組學分析揭示了北極狐的極地适應性。
該研究得到國家自然科學基金、河北省自然科學基金等項目的支持。
文章鍊接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33829635/